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pubmed-article-search

v1.0.0 approved Web Search ⬇ 4 updated today
USK v3 ✅ Verified ⚡ Auto-Convert
⬇ Download
Install Guide↓
🤖 Agent install commands (curl / MCP / Claude Desktop)
▸ curl one-liner
curl -L -o pubmed-article-search.skill   "https://aiskillstore.io/v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=ClaudeCode"
▸ MCP tool call (after registering Skill Store MCP)
{
  "tool": "download_skill",
  "arguments": {
    "skill_id": "65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592",
    "platform": "ClaudeCode"
  }
}
▸ Claude Desktop / Cursor MCP config (one-time)
{
  "mcpServers": {
    "skill-store": {
      "url": "https://aiskillstore.io/mcp/"
    }
  }
}
📖 Full agent API guide: /llms.txt  ·  MCP server card

NCBI E-utilities API로 PubMed 논문을 검색하고 초록·저자·DOI를 구조화된 JSON으로 반환합니다. 의료·연구 에이전트가 실시간 바이오메디컬 문헌에 접근하는 결정론적 연결 레이어. Search PubMed via NCBI E-utilities and return structured article metadata (title, authors, abstract, DOI) as JSON.

# pubmed # ncbi # biomedical # research # literature search # abstract # doi # medical # scientific papers # entrez

Basic Info

Owner 👤 aiskillstore-team Category Web Search Registered 2026-06-17 Last Updated 2026-06-17 Latest Version 1.0.0 Packaged At 2026-06-17 Vetting Status approved Downloads 4 Checksum (SHA256) 6a49074d225111101d4b96ae03410b15bbf5a6874118c48adb574f9a60d7daaf

⚡ AGENT INFO USK v3

Capabilities
pubmed_search ncbi_entrez biomedical_literature research_paper_retrieval abstract_extraction
Permissions
✓ network
✗ filesystem
✗ subprocess
env: NCBI_EMAIL, NCBI_API_KEY
Interface
type: cli   entry_point: main.py   runtime: python3   call_pattern: stdin_stdout
Agent API
# 스킬 스키마 조회 (에이전트가 호출 방법을 파악) GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/schema # 플랫폼별 자동 변환 다운로드 GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=OpenClaw GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=ClaudeCode GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=ClaudeCodeAgentSkill GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=Cursor GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=GeminiCLI GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=CodexCLI GET /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=CustomAgent

Installation

Compatible Platforms any

1
Install the skill using openclaw_skill_manager.py.
python openclaw_skill_manager.py --install pubmed-article-search
2
Verify installation
python openclaw_skill_manager.py --list-installed
3
Install a specific version (optional)
python openclaw_skill_manager.py --install pubmed-article-search --version 1.0.0
1
Download the skill package.
curl -O https://aiskillstore.io/v1/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download
2
Place it in the Claude Code commands directory.
unzip pubmed-article-search.skill -d ~/.claude/commands/pubmed-article-search/
3
Use it as a slash command in Claude Code.
/pubmed-article-search
1
Download the Agent Skills package.
curl -O https://aiskillstore.io/v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=ClaudeCodeAgentSkill
2
Unzip it into the Claude Code skills directory.
unzip pubmed-article-search-agent-skill-*.skill -d ~/.claude/skills/pubmed-article-search/
3
Restart Claude Code — the skill is auto-loaded at session start. No slash command needed.
1
Download the Cursor-converted package.
curl -O https://aiskillstore.io/v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=Cursor
2
Unzip and place it in a permanent location.
unzip pubmed-article-search-cursor-*.skill -d ~/.cursor/skills/pubmed-article-search/
3
Add the MCP server config to .cursor/mcp.json, then restart Cursor.
cat ~/.cursor/skills/pubmed-article-search/cursor_mcp_config.json
1
Download the Gemini CLI-converted package.
curl -O https://aiskillstore.io/v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=GeminiCLI
2
Unzip and place it in a permanent location.
unzip pubmed-article-search-geminicli-*.skill -d ~/.gemini/skills/pubmed-article-search/
3
Add the MCP server config to ~/.gemini/settings.json, then restart Gemini CLI.
cat ~/.gemini/skills/pubmed-article-search/gemini_settings_snippet.json
1
Download the Codex CLI-converted package.
curl -O https://aiskillstore.io/v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download?platform=CodexCLI
2
Unzip and place it in a permanent location.
unzip pubmed-article-search-codexcli-*.skill -d ~/.codex/skills/pubmed-article-search/
3
Add the MCP server config to ~/.codex/config.toml, then restart Codex CLI.
cat ~/.codex/skills/pubmed-article-search/codex_config_snippet.toml
1
Download the skill package via REST API.
GET https://aiskillstore.io/v1/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/download
2
Place it in your agent platform's skills directory.
cp pubmed-article-search.skill ./skills/
3
Fetch platform-specific details via the Install Guide API.
GET https://aiskillstore.io/v1/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/install-guide?platform=CustomAgent

Security Vetting Report

Vetting Result APPROVED

Findings: ["메타데이터 경고: 권장 필드 없음: 'requirements' (SKILL.md v2 권장)", "메타데이터 경고: 권장 필드 없음: 'changelog' (SKILL.md v2 권장)"]

✅ No security risks found.

AI Review Stage

Reviewer gemini Risk Level 🟢 Low Review Summary NCBI PubMed 검색 및 정보 추출 스킬로, 선언된 권한 내에서 안전하게 동작합니다.
Reasoning

스킬 메타데이터와 코드 파일을 종합적으로 검토한 결과, 다음과 같은 판단을 내렸습니다: 1. **권한 일치 여부:** * `permissions.network: true`로 선언되어 있으며, `lib/ncbi_client.py`에서 `urllib.request`를 사용하여 NCBI E-utilities API와 통신하는 것이 확인되었습니다. 이는 선언된 권한과 일치합니다. * `permissions.filesystem: false`로 선언되어 있으며, 코드에서 `sys.path.insert`를 통한 모듈 로딩 외에 파일 시스템에 대한 쓰기 또는 민감한 읽기 작업은 발견되지 않았습니다. 이는 선언된 권한을 준수합니다. * `permissions.subprocess: false`로 선언되어 있으며, 코드에서 `subprocess` 모듈이나 `os.system`과 같은 외부 프로세스 실행 코드는 발견되지 않았습니다. 이는 선언된 권한을 준수합니다. * `permissions.env_vars: ["NCBI_EMAIL", "NCBI_API_KEY"]`로 선언되어 있으며, `main.py`와 `lib/ncbi_client.py`에서 `os.environ.get`을 통해 해당 환경 변수를 사용하는 것이 확인되었습니다. 이는 선언된 권한과 일치합니다. 2. **악의적 목적의 코드:** 데이터 탈취, 시스템 파괴, 난독화 등 악의적인 목적으로 사용될 수 있는 코드는 발견되지 않았습니다. 코드는 오직 NCBI E-utilities API와의 상호작용 및 데이터 처리에 집중하고 있습니다. 3. **선언되지 않은 외부 통신:** 모든 네트워크 통신은 명시적으로 NCBI E-utilities의 공식 URL(`ESEARCH_URL`, `EFETCH_URL`)로만 이루어집니다. 선언되지 않은 다른 외부 서버로의 통신은 발견되지 않았습니다. 4. **사용자 데이터 무단 수집/전송:** 스킬은 입력으로 받은 검색 쿼리나 PMID를 NCBI API에 전달하고, 그 결과를 사용자에게 반환하는 역할만 수행합니다. 사용자 데이터를 무단으로 수집하거나 제3자에게 전송하는 기능은 없습니다. 5. **코드 품질:** 코드는 명확하고 구조화되어 있으며, 입력 유효성 검사(PMID 형식, 필수 필드 등) 및 오류 처리 로직을 포함하고 있습니다. NCBI API 호출 시 URL 인코딩을 사용하여 잠재적인 인젝션 공격을 방지하고, HTTP 429 (Too Many Requests)에 대한 재시도 로직도 구현되어 있어 안정적인 동작을 기대할 수 있습니다. 스킬의 목적에 부합하는 높은 품질의 코드입니다. 정적 분석 결과에서도 'approved' 상태이며, 'red_flags_found', 'obfuscation_warnings', 'forbidden_exec_files_found' 항목이 모두 비어 있어 자동화된 검사에서도 문제가 없음을 확인했습니다. 따라서 이 스킬은 안전하다고 판단됩니다.

Version History

Version USK v3 Vetting Status Packaged At Downloads Changelog
v1.0.0 approved 2026-06-17 ⬇ 4

Examples 7

Representative input/output examples for this skill. Agents can use these to understand how to invoke the skill and what output to expect.

CRISPR off-target 최신 논문 5편 검색 / Search CRISPR off-target papers
# search# crispr# genomics

CRISPR off-target 관련 최신 논문 5편을 관련성 기준으로 검색합니다.

📥 Input
{
  "max_results": 5,
  "operation": "search",
  "query": "CRISPR off-target",
  "sort": "relevance"
}
📤 Output
{
  "articles": [
    {
      "abstract": "CRISPR-Cas9 genome editing has revolutionized...",
      "authors": [
        "Kim J",
        "Park S",
        "Lee H"
      ],
      "doi": "10.1038/nbt.2024.001",
      "journal": "Nature Biotechnology",
      "pmc_id": "PMC11001234",
      "pmid": "38901234",
      "pub_year": 2024,
      "title": "Minimizing CRISPR-Cas9 off-target effects: current strategies and challenges"
    }
  ],
  "operation": "search",
  "total_found": 3842
}
PMID 3개로 초록 일괄 조회 / Fetch abstracts by PMID list
# fetch_abstract# pmid# batch

알려진 PMID 3개에 대해 초록·DOI·저자를 한 번에 반환합니다.

📥 Input
{
  "operation": "fetch_abstract",
  "pmids": [
    "38901234",
    "37812345",
    "36723456"
  ]
}
📤 Output
{
  "articles": [
    {
      "abstract": "CRISPR-Cas9 genome editing has revolutionized biomedical research...",
      "authors": [
        "Kim J",
        "Park S"
      ],
      "doi": "10.1038/nbt.2024.001",
      "journal": "Nature Biotechnology",
      "pmc_id": "PMC11001234",
      "pmid": "38901234",
      "pub_year": 2024,
      "title": "Minimizing CRISPR-Cas9 off-target effects"
    },
    {
      "abstract": "Off-target cleavage remains a major concern...",
      "authors": [
        "Chen A",
        "Liu B"
      ],
      "doi": "10.1016/j.cell.2023.08.012",
      "journal": "Cell",
      "pmc_id": null,
      "pmid": "37812345",
      "pub_year": 2023,
      "title": "High-fidelity CRISPR-Cas9 variants with enhanced specificity"
    }
  ],
  "operation": "fetch_abstract"
}
연도 범위 필터 Alzheimer biomarker 검색 / Date-filtered Alzheimer biomarker search
# search# alzheimer# date_range

2023~2025년 사이 발표된 Alzheimer biomarker 논문 최대 20편을 최신순으로 검색합니다.

📥 Input
{
  "date_range": {
    "from_year": 2023,
    "to_year": 2025
  },
  "max_results": 20,
  "operation": "search",
  "query": "Alzheimer biomarker",
  "sort": "date"
}
📤 Output
{
  "articles": [
    {
      "abstract": "Background: Blood-based biomarkers offer a scalable approach...",
      "authors": [
        "Smith R",
        "Johnson M",
        "Brown K"
      ],
      "doi": "10.1001/jamaneurol.2025.0123",
      "journal": "JAMA Neurology",
      "pmc_id": "PMC11234567",
      "pmid": "39012345",
      "pub_year": 2025,
      "title": "Plasma biomarkers for early Alzheimer disease detection"
    }
  ],
  "operation": "search",
  "total_found": 1584
}
LLM 생성 PMID 실존 확인 루프 / Validate LLM-hallucinated PMIDs
# fetch# validation# hallucination_check

LLM이 생성한 PMID가 실제 PubMed에 존재하는지 확인합니다. 존재하지 않으면 articles 배열이 비어 있습니다.

📥 Input
{
  "operation": "fetch",
  "pmids": [
    "99999999",
    "38901234"
  ]
}
📤 Output
{
  "articles": [
    {
      "abstract": "CRISPR-Cas9 genome editing...",
      "authors": [
        "Kim J",
        "Park S"
      ],
      "doi": "10.1038/nbt.2024.001",
      "journal": "Nature Biotechnology",
      "pmc_id": "PMC11001234",
      "pmid": "38901234",
      "pub_year": 2024,
      "title": "Minimizing CRISPR-Cas9 off-target effects"
    }
  ],
  "operation": "fetch"
}
PMC ID로 오픈 액세스 전문 URL 확인 / Confirm open-access full-text via PMC ID
# fetch# pmc# open_access

fetch 결과의 pmc_id 필드가 있으면 해당 논문은 PubMed Central에서 전문을 무료로 읽을 수 있습니다.

📥 Input
{
  "operation": "fetch",
  "pmids": [
    "36723456"
  ]
}
📤 Output
{
  "articles": [
    {
      "abstract": "Machine learning has been widely applied to genomic data analysis...",
      "authors": [
        "Wang X",
        "Zhang Y"
      ],
      "doi": "10.1093/bib/bbac123",
      "journal": "Briefings in Bioinformatics",
      "pmc_id": "PMC9876543",
      "pmid": "36723456",
      "pub_year": 2023,
      "title": "Machine learning approaches in genomics"
    }
  ],
  "operation": "fetch"
}
NCBI_EMAIL 미설정 시 에러 / MISSING_EMAIL error
# error# missing_email# config

환경변수 NCBI_EMAIL이 설정되지 않으면 MISSING_EMAIL 에러를 반환합니다. NCBI 정책상 email은 필수입니다.

📥 Input
{
  "operation": "search",
  "query": "COVID-19 treatment"
}
📤 Output
{
  "error": {
    "code": "MISSING_EMAIL",
    "message": "NCBI_EMAIL environment variable is required. Set it to a valid email address per NCBI E-utilities policy."
  }
}
잘못된 PMID 형식 에러 / INVALID_PMID error
# error# invalid_pmid# validation

숫자가 아닌 PMID를 전달하면 INVALID_PMID 에러를 반환합니다.

📥 Input
{
  "operation": "fetch",
  "pmids": [
    "abc-xyz",
    "12345678"
  ]
}
📤 Output
{
  "error": {
    "code": "INVALID_PMID",
    "message": "Invalid PMID format: \u0027abc-xyz\u0027. PMIDs must be numeric strings."
  }
}

All examples are also available via the agent API: /v1/agent/skills/65b23724-7a5c-44eb-af86-019eb0ce7592/schema

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